Η μικροβιολογική εξέταση των επιφανειών πραγματοποιείται αφού έχει προηγηθεί η απολύμανσή τους ώστε να επιβεβαιωθεί η απουσία μικροοργανισμών. Για το σκοπό αυτό, το εργαστήριο ALIMENT LAB εφαρμόζει μία ποικιλία δειγματοληπτικών τεχνικών και μεθόδων εξέτασης ανάλογα με τους μικροοργανισμούς που πρόκειται να απομονωθούν. Η Ολική Αερόβια Χλωρίδα αποτελεί τον καταλληλότερο δείκτη της μικροβιολογικής κατάστασης των επιφανειών (εξοπλισμού και περιβάλλοντος) που έχουν καθαριστεί και απολυμανθεί. Η αποτελεσματικότητα της απολύμανσης ελέγχεται κατά περίπτωση και με ειδικότερες μικροβιολογικές εξετάσεις των δειγμάτων επιφανείας, οι οποίες περιλαμβάνουν την καταμέτρηση μικροοργανισμών όπως οι ζύμες και οι μύκητες, τα Εντεροβακτηριοειδή, τα κολοβακτηριοειδή κοπρανώδους προέλευσης και η E. coli.
Το πρόγραμμα περιβαλλοντικής παρακολούθησης που εφαρμόζει το εργαστήριο ALIMENT LAB περιλαμβάνει, επίσης, την ανίχνευση της Listeria monocytogenes, ειδικά για τις επιφάνειες οι οποίες είναι δύσκολο να καθαριστούν και αποτελούν υπόστρωμα ανάπτυξης μικροοργανισμών, με απώτερο σκοπό την πρόληψη των επιμολύνσεων των τροφίμων από το συγκεκριμένο παθογόνο μικροοργανισμό. Σύμφωνα με τον Κοινοτικό Κανονισμό 2073/2005 περί μικροβιολογικών κριτηρίων για τα τρόφιμα και στο πλαίσιο του γενικότερου προγράμματος δειγματοληψίας των επιχειρήσεων στις οποίες παρασκευάζονται έτοιμα προς κατανάλωση τρόφιμα πρέπει να λαμβάνονται σε τακτική βάση δείγματα επιφανειών από τους χώρους μεταποίησης καθώς και από το σχετικό εξοπλισμό, για τον έλεγχο του της Listeria monocytogenes.
Για τη δειγματοληψία από επιφάνειες χρησιμοποιούνται κυρίως αποστειρωμένοι βαμβακοφόροι στυλεοί (swabs) και αποστειρωμένοι σπόγγοι, καθώς και ειδικά τρυβλία άμεσης επαφής (contact plates).
Η αποτελεσματικότητα της εφαρμογής των κανόνων Ορθής Βιομηχανικής και Υγιεινής Πρακτικής (Κανόνες ΟΒΥΠ) από το προσωπικό, και ειδικότερα όσον αφορά στη χρήση γαντιών, αξιολογείται τακτικά μέσω της δειγματοληψίας με τη βοήθεια swabs από τα γάντια των υπαλλήλων που εργάζονται στο τμήμα παραγωγής της επιχείρησης τροφίμων. Η μικροβιολογική εξέταση των δειγμάτων αυτών περιλαμβάνει τον έλεγχο για την παρουσία μικροοργανισμών, όπως ο Staphylococcus aureus και η E.coli.